Jeanne Baret sinh ngày 27 tháng 07 năm 1740 tại xã La Comelle thuộc vùng Burgundy của Pháp. Cô là con gái của Jean Baret và Jeanne Pochard. Cha cô được xác định là một người lao động dường như không biết chữ, vì ông không ký vào sổ đăng ký giáo xứ ở Burgundy.[4][5]

Có ít thông tin ghi chép về thời thơ ấu cùng thanh thiếu niên của Baret. Cô đã từng nói với Bougainville rằng: cô mồ côi và mất hết tài sản trong một vụ kiện trước khi ngụy trang thành nam giới. Mẹ cô mất 15 tháng sau khi Jeanne chào đời và cha cô qua đời khi cô 15 tuổi.[6] Các nhà sử học cho rằng, một số chi tiết về câu chuyện mà cô kể cho Bougainville là sự thật, trong khi một số khác được bịa đặt để bảo vệ Commerson, người đã hỗ trợ cô cải trang.[7][8] Trên thực tế, vùng Burgundy Pháp vào thời điểm thập niên 1750 là một trong những tỉnh lạc hậu, đa phần đều là các tầng lớp nông dân, và khả năng lớn là gia đình của Baret nghèo khó.[9][10]

Một trong những bí ẩn về cuộc sống của Baret là cách cô được giáo dục, học tập. Cô xuất thân trong môi trường lạc hậu, nền giáo dục thô sơ. Chữ ký của cô trên tài liệu pháp lý sau này chính là bằng chứng cho thấy rằng cô không mù chữ. Glynis Ridley, người viết tiểu sử của cô đã cho rằng mẹ cô có thể là người Huguenot,[Ghi chú 1] một nhóm có truyền thống biết chữ cao hơn so với các tầng lớp nông dân thời đó.[11] Một người viết tự truyện khác là John Dunmore cho rằng cô được linh mục giáo xứ dạy dỗ, hoặc được nhận học tập trong một khóa từ thiện bởi một thành viên của các tiểu quý tộc địa phương.[7] Tuy nhiên, Danielle Clode lưu ý rằng Jeanne đã không ký vào sổ đăng ký giáo xứ cho cái chết của cha cô.[12] Chữ ký đầu tiên được biết đến của cô là vào năm 1764, khiến cho một khả năng khác là Commerson đã dạy cô học viết, để phụ giúp ông trong công việc. Cô luôn ký tên của chính mình là Barret.[13]